Bagaimana Ilmuwan Inggris Menemukan Varian Coronavirus yang Lebih Menular

  • Whatsapp
banner 468x60


LONDON – Sekaligus, virus corona sepertinya berubah.

Selama berbulan-bulan, Dr. Steven Kemp, seorang ahli penyakit menular, telah memindai perpustakaan global genom virus corona. Dia sedang mempelajari bagaimana virus telah bermutasi di paru-paru seorang pasien yang berjuang untuk mengatasi infeksi yang mengamuk di rumah sakit Cambridge terdekat, dan ingin tahu apakah perubahan itu akan muncul pada orang lain.

Kemudian di akhir November, Dr. Kemp membuat pertandingan yang mengejutkan: Beberapa sama mutasi terdeteksi pada pasien, bersama dengan perubahan lainnya, muncul berulang kali pada orang yang baru terinfeksi, kebanyakan di Inggris.

Lebih buruk lagi, perubahan terkonsentrasi pada lonjakan protein yang digunakan virus untuk menempel ke sel manusia, menunjukkan bahwa virus yang telah mendatangkan malapetaka di seluruh dunia berkembang sedemikian rupa sehingga membuatnya semakin menular.

“Ada banyak mutasi yang terjadi bersamaan pada frekuensi yang sama,” tulisnya pada 2 Desember kepada Dr. Ravindra Gupta, ahli virus dari Cambridge. Mendaftar perubahan yang paling mengganggu, dia menambahkan: “SEMUA urutan ini memiliki mutan spike berikut.”

Kedua peneliti belum mengetahuinya, tetapi mereka telah menemukan varian virus korona baru yang sangat menular yang telah menyebar di seluruh Inggris, mengguncang pemahaman para ilmuwan tentang virus dan mengancam akan memperlambat pemulihan global dari pandemi.

Kabar menyebar melalui konsorsium ilmuwan penyakit Inggris, pembawa obor lama dalam genomik yang telah membantu melacak epidemi Ebola dan Zika. Mereka berkumpul di Slack dan video call, membandingkan catatan saat mereka mencari petunjuk, di antara mereka tip dari para ilmuwan di Afrika Selatan tentang varian baru lainnya di sana. Yang lain lagi sejak itu muncul di Brasil.

Selama hampir setahun, para ilmuwan hanya mengamati perubahan bertahap pada virus korona, dan mengharapkan lebih banyak hal yang sama. Varian baru memaksa mereka untuk mengubah pemikiran mereka, menandakan fase baru dalam pandemi di mana virus dapat berkembang cukup pada waktunya untuk merusak efektivitas vaksin.

Tetapi jalan menuju penemuannya tidak mendapat banyak pujian pada bulan Maret, ketika Inggris memutuskan untuk mulai mengurutkan sampel virus corona secara massal. Negara ini memproduksi setengah dari inventaris genom virus korona dunia, memberikan pandangan yang tak tertandingi tentang bagaimana virus berubah, dan bagaimana orang membawanya ke Inggris tahun lalu dan sekarang mengeluarkan variannya.

Bagi Inggris, penemuan itu datang terlambat untuk mencegah gelombang baru Covid-19 yang menghukum menempatkan rumah sakitnya di ambang jurang harus menyangkal perawatan yang menyelamatkan nyawa. Variannya sudah menyebar dengan cepat, didukung oleh pembatasan pemerintah yang longgar selama musim gugur dan awal musim dingin.

Tetapi Inggris membunyikan alarm bagi dunia, memungkinkan negara-negara untuk menutup perbatasan mereka dan mulai dengan panik mencari varian yang mungkin tidak mereka sadari selama berbulan-bulan. Ilmuwan Inggris dengan cepat menerbitkan studi yang meyakinkan para skeptis tentang potensinya.

“Inggris memiliki banyak kesalahan tentang pandemi ini, terutama karena tidak belajar tentang pentingnya bereaksi lebih awal,” kata Neil Ferguson, seorang ahli epidemiologi dan penasihat pemerintah. “Tetapi Inggris memiliki sistem pengawasan yang cukup tak tertandingi untuk Covid. Kami dapat memantau perubahan yang sangat kecil pada virus. “

Labs di sekitar Inggris, setelah menguji swab untuk virus, mengirimkan bahan sisa dalam van berpendingin ke Wellcome Sanger Institute, sebuah lab genomik, di mana mereka disimpan di freezer gua.

Di sana, robot memisahkan sampel positif dan menyimpannya ke dalam sumur piring kecil seperti muffin. Mesin kemudian memetakan genom mereka, kata Jeffrey Barrett, yang mengarahkan proyek pengurutan, menghasilkan kode genetik sepanjang 30.000 huruf yang diunggah ke perpustakaan internet. Tugas memahami mutasi berada di tangan ahli biologi seperti Andrew Rambaut, seorang profesor di Edinburgh, yang menentukan di mana mereka muat di pohon evolusi.

Upaya tersebut telah menghasilkan lebih dari 165.000 urutan di Inggris. Amerika Serikat, dengan jumlah orang lima kali lebih banyak, telah mengurutkan sekitar 74.000 genom. Jerman telah mengurutkan sekitar 3.400, kurang dari setengah dari apa yang diunggah Inggris ke database global pada hari Kamis saja.

“Ini benar-benar merevolusi cara kita menangani virus,” kata Judith Breuer, ahli virus di University College London.

Kampanye tersebut dibentuk pada 4 Maret, sebelum 100 infeksi virus korona ditemukan di Inggris, ketika seorang ahli mikrobiologi Cambridge, Sharon Peacock, mengirimkan banyak email ke ahli genom Inggris, menanyakan masing-masing: “Bisakah Anda menelepon saya.”

Dalam dua minggu, konsorsium yang baru dibentuk telah mendapatkan 20 juta pound Inggris, sekitar $ 27 juta, dalam pendanaan pemerintah.

“Ini adalah komunitas yang dekat di sini, dan pada bulan Maret mereka secara efektif mengesampingkan persaingan, ego apa pun, dan hanya berkata, ‘Kami dapat memainkan peran penting dalam mengelola pandemi,’” kata Thomas Connor, seorang ilmuwan di Wales yang membangun platform untuk menyusun dan menganalisis genom.

Di antara sampel yang diurutkan musim panas lalu adalah sampel seorang pria berusia 70-an dengan limfoma, yang dirawat di rumah sakit Cambridge pada bulan Mei untuk pengobatan Covid-19. Dr. Gupta, seorang dokter paruh waktu, mulai merawat pasien, yang obat antikankernya telah mengurangi respons kekebalannya. Diasingkan di ruang isolasi, pasien berjuang untuk bernapas. Bahkan setelah beberapa kali pengobatan, termasuk plasma dengan antibodi dari pasien yang pulih, virus tidak menghilang.

Sebaliknya, itu bermutasi. Upaya pengurutan Inggris membuka jendela ke dalam perubahan tersebut: Selama 101 hari di rumah sakit, partikel virus yang mengalir melalui paru-paru pria itu diurutkan 23 kali, sebuah harta karun berupa petunjuk.

Pasien meninggal pada bulan Agustus, tampaknya tanpa menginfeksi orang lain. Tetapi mutasi pada virusnya akhirnya memberi para ilmuwan teori utama tentang bagaimana varian Inggris itu berasal: dengan menghindari pertahanan kekebalan seseorang seperti pasien Cambridge yang memiliki sistem kekebalan yang lemah dan infeksi yang berlangsung lama.

“Kami menyebut ini pasien standar emas untuk menilai populasi virus yang berbeda dalam satu inang,” Dr. Kemp mengatakan.

Satu mutasi yang dialami pasien, diberi label 69-70del, mengubah bentuk protein lonjakan. Yang lain, N501Y, dapat membantu protein mengikat lebih erat ke sel manusia.

Dr. Kemp mencari perubahan tersebut setiap beberapa hari di database global, menemukan alasan yang langka untuk khawatir. Kemudian pada akhir November, secara tiba-tiba, dia melihat banyak genom, kebanyakan dari Inggris, yang memiliki mutasi tersebut dan sejumlah genom lain yang dapat mengubah cara virus memasuki sel manusia. Dia memanggil Dr. Gupta ke komputernya untuk melihat.

Akhirnya, ilmuwan Inggris mendeteksi 23 mutasi yang membedakan genom ini dari versi paling awal yang diketahui di Wuhan, Cina – cukup untuk dianggap sebagai varian baru, karena diberi label B.1.1.7. Di pohon evolusi yang dibuat Dr. Kemp, ia berdiri terpisah seperti cabang yang menyendiri dan kurus.

“Saya tidak mengharapkan hal seperti ini,” kata Dr. Gupta. “Kembali pada akhir November, itu semua tentang harapan vaksin, dan tidak ada varian baru yang muncul.”

Jumlah mutasi pada protein lonjakan sangat mengguncangnya, katanya, menyebutnya “momen ‘Wow’.”

Pada saat yang sama, pakar kesehatan masyarakat Inggris bingung dengan kasus wabah virus korona yang tidak dapat dijelaskan. Penguncian telah meredakan virus di seluruh Inggris, tetapi tidak di Kent, sebuah daerah komuter London dan kebun buah di tenggara. Kasus bermunculan di sekolah. Satu dari 328 warga terinfeksi.

Hanya pada 8 Desember, pada pertemuan rutin mereka dengan ahli genom, pejabat kesehatan masyarakat menyimpulkan bahwa penyebabnya kemungkinan merupakan varian baru. Melihat ke belakang melalui database mereka, para ilmuwan menemukan bahwa itu pertama kali dikumpulkan pada bulan September, dan telah menyebar ketika orang-orang kembali ke kantor dan restoran serta pub yang dilindungi atas desakan pemerintah.

Para peneliti akhirnya menjadi yakin bahwa varian tersebut, pada kenyataannya, lebih dapat ditularkan – kira-kira 30 hingga 50 persen lebih banyak – tetapi hanya setelah mereka mengumpulkan tambal sulam dengan petunjuk yang kurang meyakinkan.

“Tidak ada satu garis bukti yang sama sekali tidak ambigu – sains hanya menghasilkan kepastian semacam itu dalam periode waktu yang lebih lama,” kata Oliver Pybus, seorang ahli biologi evolusi Oxford. “Ini lebih merupakan kasus dari berbagai bukti independen yang bersatu.”

Setelah para ilmuwan mempresentasikan kesimpulan mereka pada 11 Desember kepada badan penasehat pemerintah, Dr. Ferguson, ahli epidemiologi, menjadi khawatir bahwa hal itu akan “hampir pasti mengharuskan kita untuk melakukan penguncian lagi.” Dia mengirim sms kepala penasihat ilmiah Perdana Menteri Boris Johnson, memperingatkan tentang varian tersebut.

Pada 22 Desember, ilmuwan pemerintah mengatakan bahwa langkah-langkah ketat, termasuk penutupan sekolah, diperlukan untuk menekan varian tersebut. Tetapi Tuan Johnson mengizinkan orang-orang di beberapa bagian Inggris untuk berkumpul pada hari Natal, dan tidak memaksakan penguncian di seluruh Inggris hingga 4 Januari.

Varian tersebut sekarang diperkirakan mencapai lebih dari 80 persen kasus positif di London dan setidaknya seperempat infeksi di tempat lain di Inggris, dan telah muncul di lebih dari 50 negara. Pejabat kesehatan Amerika diperingatkan pada hari Jumat bahwa varian Inggris dapat menjadi sumber infeksi dominan di Amerika Serikat pada bulan Maret.

Dalam beberapa hari terakhir, Dr. Gupta dan Dr. Kemp telah mulai menggunakan serum darah dari orang-orang yang divaksinasi untuk menentukan apakah varian tersebut dapat melemahkan potensi vaksin.

“Dunia sudah lama diberitahu bahwa mutasi tidak terlalu penting dari virus corona,” kata Dr. Gupta. “Tapi kami menemukan bahwa mutasi memang datang, dan itu berdampak pada kebugaran virus.”



Sumber Berita

banner 300x250
  • Whatsapp
banner 468x60

Tinggalkan Balasan

Alamat email Anda tidak akan dipublikasikan. Ruas yang wajib ditandai *

This site uses Akismet to reduce spam. Learn how your comment data is processed.